刘吉善长期从事中医、中药和中医药文化深层次领域研究，先后主持开展了多项“中医临床型、临床科研型、中西医结合型、学术交流型和推广应用型”科研课题，特别在应用中医中药治疗精神病方面，见解独到，研究深广，为国家“十五”确立的首批重点专科——中西医结合治疗精神病首席专家。

● 2000年2月被市政府授予“十佳优秀专业技术人员”

● 2000年4月 《汉字文化证实中国最早医书有针法——论马王堆医书中的“久”》获得湖北社科类科研二等奖

● 2001年10月开展的《舒畅饮治疗（重症）神经衰弱的课题研究》获得湖北省重大科技成果

● 2001年9月被市委、市政府授予“有突出贡献的专家”并享受政府津贴

● 2002年4月被评为十堰市“十大名中医”

● 2002年5月被省人事厅、省卫生厅联合授予“湖北省知名中医”

● 2003年4月被湖北中医学院聘为硕士生导师

● 2003年9月在北京当选为中华中医药学会第四届理事会理事

其研制的抗精神病专药《舒畅饮》通过湖北省重大科技成果鉴定，达国内同学科先进水平；在古代医学文化研究方面，他撰写的《汉字文化证实中国最早医书有针法——论马王堆医书中的“久”》，首次破译了千古之迷而轰动医学界，解除了海内外人士一直认为中国现存医书中有灸无针的疑虑，连接了我国传统医学史料的断层；“论中医学基础理论形成与楚文化圈的关系”被〈欧洲中医药〉刊登并誉为“美文”收录。近几年，他先后在国际、国内重要医学期刊上发表医学论文40余篇，其中撰写的“从厥症看《伤寒论》与《史记·扁鹊传》的关系”、“伤寒论‘四神’与‘五灵’方探析”、“论马王堆医书中的生殖医学”、“五芩散不主蓄水症”以及“中国第一方考”等医学论著在医学界引起广泛关注，有的被收录入国家级重要医学文献。