怀孕39天阴超宫内宫外都没有发现孕囊，需要考虑是否为异位妊娠。

怀孕39天时，如果通过阴超检查未能在宫内或宫外发现孕囊，通常意味着受精卵着床位置不正常，即异位妊娠。这种情况下，建议高度警惕，并及时就医进行进一步的诊断和处理，以减少潜在的风险。

此外，对于月经周期不规律的女性而言，排卵时间可能会推迟，进而导致受孕时间晚于预期，使得此时无法在子宫内找到孕囊。

总之，在孕期过程中，定期进行产科检查是非常必要的，可以确保孕妇和胎儿的健康状况。若出现任何不适症状或疑问，应及时向医生咨询。