衣原体肺炎咳嗽总不好是因为衣原体感染导致的呼吸道炎症所致。

衣原体是一种特殊的病原体，具有细胞内寄生的特点，在人体免疫系统识别和清除的过程中，可能会对肺部组织造成一定的损伤。这种损伤可能导致气道高反应性，从而引发长期的咳嗽症状。此外，衣原体感染后，机体免疫系统会释放多种炎症因子，这些因子进一步刺激呼吸道上皮细胞，加剧了咳嗽的症状。

如果患者存在慢性支气管炎、哮喘等呼吸系统疾病，可能因为病情复杂化而出现持续性咳嗽。此时需要考虑使用抗生素治疗的同时，配合止咳药物或吸入性糖皮质激素以缓解症状。

在治疗衣原体感染时，应注意遵循医嘱完成整个疗程，避免因不规律用药而导致耐药性的产生。同时，应保持良好的个人卫生习惯，如勤洗手、戴口罩等，以减少交叉感染的风险。