包茎手术三年后仍疼痛是不正常的，需要进一步检查以确定具体原因。

包茎手术后三年仍有疼痛可能是由多种原因引起的，包括切口感染、缝线反应、局部血肿、阴茎硬结症等。这些因素可能导致术后持续不适，因此需要专业医生进行详细评估和治疗。

患者可能有慢性炎症或瘢痕组织形成，这会导致长期的不适感。此外，也可能存在神经损伤或其他并发症，但相对较少见。

在关注包茎手术后疼痛的同时，应避免过度紧张和焦虑，以免加重症状。定期复查以及保持良好的个人卫生习惯也是关键所在。