肚子疼晚上凌晨二三点痛醒腰酸可能与肾结石有关。

因为肾结石在移动过程中会刺激输尿管壁，导致腰部剧烈疼痛，且夜间迷走神经兴奋性增高，容易诱发肾绞痛发作，从而出现半夜痛醒的情况。

此外，还应考虑胃炎、肠梗阻等疾病的可能性。这些疾病也可能引起腹部不适，但需要通过进一步检查来确定诊断。

针对腹痛和腰酸的症状，建议患者避免食用辛辣或难以消化的食物，并保持充足的水分摄入以促进排泄。同时，如果症状持续或加剧，应及时就医以便获得适当的治疗。