新生儿消化不良可以考虑使用乳杆菌、双歧杆菌、枯草杆菌、链球菌、丁酸梭菌等益生菌制剂来改善肠道菌群平衡。需要强调的是，益生菌虽然对消化不良有益，但并不具有直接治疗作用。

1.乳杆菌

乳杆菌是一种有益于肠道健康的细菌，可以促进食物的消化吸收，减少胃肠道负担。因此，对于存在轻微消化不良症状的新生儿而言，补充乳杆菌制剂有助于改善不适。

乳杆菌可产生多种酶类物质，如乳糖酶、淀粉酶等，能帮助分解母乳中的营养成分，促进其更好地被新生儿利用。

2.双歧杆菌

双歧杆菌是存在于人体内的一种厌氧性细菌，在肠道中起到抑制有害菌繁殖的作用，维持肠道微生态平衡。新生儿消化不良时适当补充双歧杆菌制剂有利于调节肠道菌群失调状态。双歧杆菌能够产生有机酸，降低肠道pH值，提高机体免疫力，预防感染性疾病的发生。

3.枯草杆菌

枯草杆菌可以通过发酵作用产生短链脂肪酸，这些脂肪酸能够增加肠道内的水分含量，从而软化大便并促进排便。枯草杆菌还可以通过竞争性地占据有害菌的附着位点来抑制有害菌的生长繁殖，进而减轻由有害菌引起的消化道症状。

4.链球菌

链球菌可以合成各种酶类，包括蛋白酶、淀粉酶、脂肪酶等，这些酶可以帮助新生儿分解食物中的蛋白质、碳水化合物和脂肪，促进消化吸收。此外，链球菌还能产生一些抗菌物质，如肽聚糖和胞壁酸，具有一定的抑菌作用，对防止肠道内病原菌过度增殖有积极意义。

5.丁酸梭菌

丁酸梭菌可以促进肠道蠕动，增强消化功能，缓解腹胀、腹泻等症状。同时，丁酸梭菌还能够抑制有害菌的生长，改善肠道微生态环境，预防消化系统疾病的发生。

需要注意的是，益生菌虽然对消化不良有一定的改善作用，但不宜长期大量摄入，以免影响肠道自身的微生物平衡。另外，如果新生儿的症状持续不改善或伴有其他严重症状，应及时就医以确定适当的治疗方案。