肛瘘伤口凹凸不平通常是由于术后感染引起的。

肛瘘的发生与肛周脓肿有关，多是由于细菌感染引起局部化脓所致，如果术后没有做好护理工作，可能会诱发感染，从而影响伤口的愈合，导致其出现凹凸不平的情况。患者还可伴随出现红肿、疼痛等症状，有时还会伴有发热、寒战等现象。

此外，若患者在术后过早地进行了剧烈运动或过度劳累，也有可能会影响伤口的恢复进程，导致伤口愈合不良而出现凹凸不平的现象。

因此，在治疗肛瘘的过程中，患者应注意保持良好的个人卫生习惯，并遵循医嘱进行适当的休息和活动，以促进伤口的愈合。