肛瘘术后一般不会留下后遗症，但也有个别病例会出现肛门失禁、肛门狭窄等后遗症。

肛瘘主要是因为肛隐窝发生感染，导致局部形成脓肿，脓肿自行溃破或者切开引流后会形成管道结构，即为肛瘘。经过规范的手术切除可以清除病灶，从而达到治好的目的。如果手术操作不规范或存在术后感染等情况，则有可能会导致肛门括约肌受损，进而引发肛门失禁；也可能会导致伤口愈合不良，诱发瘢痕增生，使肛门变得狭窄。

肛瘘可能伴随疼痛、瘙痒、流脓等症状，严重时可引起贫血、营养不良等问题。

在治疗肛瘘的过程中，患者应注意保持良好的排便习惯，避免便秘或腹泻，以减少对肛门区域的刺激。同时，应加强饮食调理，多摄入富含膳食纤维的食物，如蔬菜、水果等，有助于改善肠道功能，预防肛瘘的发生。