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第三军医大学西南医院骨科创建于上世纪50年代，1983年被批准为国家硕士学位授权点，1991年被批准为国家博士学位授权点，为西南地区最早的骨科专业博士点。2002年又成为第三军医大学骨科中心和组织工程研发中心，2003年被批准成为“全军矫形外科中心”，2007年被批准为“国家重点学科”。历经数代人的共同努力，已发展成集医疗、教学、科研为一体的综合性知名学科。

西南医院骨科系全军矫形外科中心、国家重点学科，现有高级职称10人，中级职称5人，其中博士生导师3人、硕士生导师4人，3人享受国家政府特殊津贴。学科分为脊柱外科、创伤与显微外科、关节外科、骨肿瘤与骨病、足踝外科及手外科等临床亚专科，展开床位130余张。配备有椎间盘镜、关节镜、数字化C臂X光机、四肢MRI等大型设备，价值2000余万元。中心建有组织工程实验室即组织工程研发中心、骨组织库及骨科专用实验室。

学科非常重视科研、教学工作。“十五”、“十一五”期间均先后承担国家高技术研究发展计划项目(“863”计划及国家支撑计划项目3项)、国家自然科学基金重点课题与面上课题8项、全军医药卫生科研基金攻关项目3项，重庆市科学技术重点及攻关项目5项，其它各类课题10余项。年发表论文近百篇，获取专利20余项。获得国家科技进步二等奖1项，国家科技进步三等奖1项，军队科技进步一等奖1项，重庆市科技进步一等奖1项，军队及重庆市科技进步二等奖7项，军队医疗成果二等奖1项。先后培养博士及硕士研究生100余人，在读研究生40余人，毕业的部分研究生已成为国内军内大单位学科及学术带头人。