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福建省第二人民医院儿科是福建中医药大学本科、硕士、博士的教学单位，拥有国务院特殊津贴专家、国家级和省级老中医药专家学术继承人指导老师、博士和硕士研究生导师、福建省百千万人才等中西医专家多人。形成以新生儿疾病、小儿肾脏病、内分泌疾病（生长发育障碍）、过敏性疾病和儿童保健为特色的临床专科专病，采用中西医结合、内服外治结合的诊疗方法，临床疗效显著，荣获多项省部级科技成果奖。

小儿肾脏病专科：郑健主任医师牵头的研究团队，应用中西医结合的方法治疗小儿肾脏疾病，临床疗效显著，科研硕果累累，其成果位居全国领先水平。

小儿内分泌专科（生长发育障碍）：以李淑闽、杨文庆领衔的临床团队，在省内较早开设儿童内分泌专科门诊，应用中西医结合方法诊治小儿生长发育障碍（生长发育落后、性早熟、青春期延迟）、肥胖症伴代谢综合征和甲状腺疾病等内分泌疾病，临床疗效确切，在省内外具有较高的声誉和影响力。

小儿过敏性疾病专科：以林甦、吴小华主任医师带领的临床团队，应用中西医结合的诊疗方法治疗小儿哮喘、鼻炎、慢性咳嗽等过敏性疾病，临床疗效显著，深受患儿好评。

儿童保健专科：为儿童提供系统保健，如体格生长发育监测、智力及心理测评、骨龄评测及成年身高预测、身高促进、营养评价、喂养指导、常见儿童疾病的防治、小儿发育行为问题的咨询与矫治等。

新生儿专科：以杨文庆领衔的临床团队，按《中国新生儿病房分级建设与管理指南》的II级新生儿病房的要求进行建设与管理，采用中西医结合的方法诊治新生儿疾病，临床疗效显著，在省内外享有盛誉。