孕囊一般在2-3cm时才可以进行药物流产。如果怀孕后发现孕囊较小，在医生的指导下使用药物终止妊娠前，应先完善相关检查，并遵医嘱足量、足疗程用药。 女性意外怀孕后，可以在停经40天左右前往医院妇产科就诊，然后由医生根据彩超等检查结果明确孕囊大小，判断是否可以进行药物流产。通常情况下，孕囊在发育到2-3cm就可以遵医嘱应用药物来流产了。但是具体的应用何种药物，则需要由医生面诊后决定。