膝盖疼肌肉萎缩可能是由外伤后遗症、髌骨软化症、类风湿关节炎、腰椎间盘突出症、肌营养不良症等疾病引起的，需根据具体因素进行针对性治疗。建议患者及时就医，明确诊断。

1.外伤后遗症

外伤后遗症是指由于外部创伤导致的损伤未完全愈合而引起的长期疼痛和肌肉萎缩。针对外伤后遗症的治疗方法包括物理疗法、功能锻炼等非手术方法以及手术矫正等。

2.髌骨软化症

髌骨软化症是由于髌股关节面软骨发生退行性变或损伤所致，会导致膝关节疼痛和活动受限。患者可在医生指导下使用氨基葡萄糖、硫酸软骨素进行治疗，同时配合适当运动如游泳、骑自行车等，有助于缓解症状。

3.类风湿关节炎

类风湿关节炎是一种慢性自身免疫性疾病，主要侵犯手足小关节，可表现为对称性的多关节肿胀、疼痛、晨僵等症状。如果病情持续发展，可能会引起关节畸形和功能丧失。患者可以遵医嘱服用抗风湿药物进行治疗，比如甲氨蝶呤片、来氟米特片等。

4.腰椎间盘突出症

腰椎间盘突出症是由腰椎间盘向后方突出压迫神经根所引起的以腰腿痛为主要表现的一种疾病，典型症状为腰痛伴下肢放射痛、麻木，严重时可出现行走困难甚至瘫痪。对于急性期发作的患者，建议卧床休息4-5周，配合针灸、烤电等方式缓解不适症状。

5.肌营养不良症

肌营养不良症是一组由遗传因素引起骨骼肌变性疾病，主要表现为缓慢进展的肌肉无力和萎缩，可伴有不同程度的呼吸困难、吞咽障碍等。患者需要在医生指导下使用维生素E、辅酶Q10等抗氧化剂延缓病情进展。

针对膝盖疼痛伴随肌肉萎缩的情况，建议进行MRI成像以评估软组织损伤程度，同时还可以通过超声心动图检查心脏功能是否受到影响。