细菌性龟头炎与病毒性龟头炎的区别在于病因不同，前者主要由细菌感染引起，后者多为病毒感染导致。

细菌性龟头炎主要是由于金黄色葡萄球菌、大肠埃希菌等革兰氏阳性球菌或杆菌侵犯龟头黏膜所引发的炎症反应。该疾病可通过接触传播，患者可能出现排尿困难、龟头局部红斑、水肿、糜烂等症状。病毒性龟头炎则是由人乳头瘤病毒感染引起的，具有传染性，可导致龟头上出现单个或多个小水疱，并逐渐发展成菜花样的疣体。

此外，还应考虑真菌性龟头炎的可能性，此时需要使用抗真菌药物治疗，如氟康唑胶囊、伊曲康唑胶囊等。

在诊断区分二者时，应考虑个体差异以及可能存在的共存因素，避免误诊或延误治疗。同时强调个人卫生习惯对于预防龟头炎的重要性。