早上起床颈椎和肩膀疼可能是睡眠姿势不当、枕头过高、颈椎病、肩周炎、纤维肌痛综合征等引起的，需根据具体因素进行针对性治疗。建议患者及时就医，明确诊断。

1.睡眠姿势不当

睡眠姿势不当会导致肌肉处于紧张状态，长时间后会引起局部血液循环受阻，从而引起疼痛。睡前适当热敷可以促进血液循环，缓解不适症状。

2.枕头过高

枕头过高会使颈部处于过度屈曲的状态，导致颈部肌肉长期处于紧张、疲劳的状态，进而出现僵硬感和疼痛感。患者可通过调整枕头高度来改善不适症状，如选择低枕或者不使用枕头睡觉。

3.颈椎病

颈椎病是由于颈椎间盘退行性变所导致的，当突出的椎间盘压迫到周围的神经根时，就会产生放射性的疼痛，这种疼痛可能沿着颈部向下延伸至肩膀。非甾体抗炎药如布洛芬可用于减轻炎症和疼痛，但需遵医嘱服用。

4.肩周炎

肩周炎是由肩关节周围软组织的慢性炎症引起的，炎症因子刺激周围组织，可引起疼痛。夜间睡眠时，由于体位改变等原因，可能导致炎症部位受到压迫而加剧疼痛。患者可在医生指导下通过针灸等方式进行治疗，以达到舒筋活络的效果。

5.纤维肌痛综合征

纤维肌痛综合征是一种全身性疾病，其特征为广泛性肌肉骨骼系统疼痛，伴有睡眠障碍和晨起僵硬。这些症状可能会影响患者的日常生活活动能力，导致生活质量下降。药物治疗是主要手段，常用有盐酸帕罗西汀片、氯硝西泮片等药物，能够有效控制病情的发展。

建议定期进行颈部和肩部的伸展运动，如米字操，以增强肌肉柔韧性；并保持良好的睡眠习惯，避免长时间维持同一姿势。必要时，建议进行X光检查、MRI检查以及血液学检查，以排除其他潜在的病理原因。