皮脂腺囊肿手术后可能会留下疤痕，但是否会留下取决于个体愈合能力及术后护理。

皮脂腺囊肿手术需要切开囊壁进行完整摘除，否则易引起复发。因此在手术过程中不可避免地会对周围组织造成一定的损伤，进而形成创伤性炎症反应，产生炎症细胞浸润、毛细血管增生等现象，最终可能导致局部出现纤维化过程，从而形成瘢痕组织。个体差异会影响伤口愈合速度与质量，如年龄、肤色深浅、是否有合并症等都可能影响到疤痕的程度。

此外，术后护理措施也对减少疤痕有重要作用，例如保持伤口干燥清洁、避免日晒等。

如果患者存在糖尿病或自身属于疤痕体质，则可能会导致皮肤修复异常，增加疤痕形成的概率。

建议定期观察皮脂腺囊肿的变化情况，以免发生感染或其他并发症。同时，在治疗期间应注意个人卫生，避免接触刺激性物质，以促进伤口愈合。