激光治疗尖锐湿疣的工作原理是使用集中的红外线或近红外线光束，来加热和烧灼目标区域，能够使高功率密度的光能作用于小体积的组织。它的优点的去除疣体比较快，并且经验丰富的医生可以做到不出血或者少量出血。不过，激光治疗的缺点也很明显，首先，就是它的复发率高。根据资料显示，激光去除疣体以后，12个月的复发率高达66%。其次，就是有多达28%的患者在激光术后会形成不同程度的瘢痕。再者，激光治疗的患者可能出现其他并发症，比如疼痛、色素沉着或色素减退。罕见情况下，患者可能出现慢性疼痛和外阴痛。作为负责的医生，治疗前都应该告知患者这些风险，以便于患者决定是否采用激光治疗。