南京地区在肛肠疾病的治疗方面拥有多家专业的医院，以下是南京地区专业肛肠医院的排行榜，主要基于医疗水平、专业特色、患者口碑等因素综合评选而出：

1、南京医科大学第一附属医院

是江苏省政府重点学科和临床重点专科，同时也是江苏省十大临床医学中心培育点。科室人才结构合理，学历层次高，能够专业诊治各类常见及复杂的肛肠疾病。

2、南京鼓楼医院

是国家重点学科、首批国家临床重点专科，同时也是江苏省医学重点学科和临床重点专科。科室设有肛肠外科等病区，能够运用中西医结合的方法对肛肠常见疾病及疑难杂症进行专业诊断和治疗。

3、东南大学附属中大医院

运用中西医结合的方法治疗肛肠疾病，术后镇痛技术处于国内同行业领先水平。科室医生具有丰富的临床经验和先进的技术手段，能够为患者提供优质的医疗服务。

4、南京市中医院

是全国中医肛肠专科医疗中心，国家卫健委重点临床专科，国家中医药管理局重点专科。科室拥有高水平的医疗团队和先进的医疗设备，擅长治疗各类肛肠疾病，包括排便障碍性疾病、结直肠肿瘤等。