南京地区拥有多家专业的肛肠专科医院，这些医院在肛肠疾病的预防、诊断和治疗方面具有较高的水平和丰富的经验。

南京医科大学第一附属医院-结直肠、肛门外科

该科室是“十五”和“十一五”江苏省政府重点学科、江苏省临床重点专科，同时也是江苏省十大临床医学中心培育点，综合实力强大，发展潜力巨大。 专业团队：科室人才结构合理，学历层次高，拥有一批全国知名的老专家和优秀的中青年专家，能够专业诊治各类常见及复杂的肛肠疾病。

南京鼓楼医院-普通外科

该科室是国家重点学科、首批国家临床重点专科、江苏省医学重点学科、江苏省临床重点专科，以及江苏省消化系统疾病及消化道肿瘤临床医学中心，科研实力强大。

科室设有肝脏外科及移植外科、肝胆外科、肛肠外科等病区，能够专业治疗各类肛肠疾病，并擅长运用中西医结合的方法对肛肠常见疾病及疑难杂症进行诊断与治疗。

东南大学附属中大医院-肛肠科

该科室擅长运用“中西医结合”的方法对肛肠常见疾病及疑难杂症进行诊断与治疗，术后镇痛技术处于国内同行业领先水平。科室联合使用中西药物，以超前镇痛、平衡镇痛及自控镇痛等国际先进的镇痛方法进行治疗，极大地减轻了患者的痛苦。

南京市第一医院-普外科

该科室是江苏省重点专科，国家级临床药物研究专业科室，处理复杂的肝胆管结石和胆道损伤方面处于省内先进水平。

科室在慢性结直肠炎、慢性溃疡性结肠炎、克罗恩病、放射性肠炎、盆底疾病（直肠前突、盆底失迟缓、直肠脱垂等）、肛门尖锐湿疣的诊疗方面取得了长足的发展，形成了独特的专科特色。