小便时包皮过长并伴有疼痛可能是由尿道炎、龟头炎引起的。

尿道炎、龟头炎是泌尿系统的感染性炎症疾病，当发生炎症时会导致局部组织水肿和敏感度增加，在排尿时会对受损的组织造成摩擦和刺激，产生疼痛感。这种疼痛通常为刺痛或灼热感，并可能伴随尿频、尿急等症状。建议患者及时就医以获得适当的治疗和缓解症状。

此外，还应考虑是否存在前列腺增生、输尿管结石等非感染性疾病导致的类似症状。这些疾病也可能引起排尿时的不适感，但其病因和治疗方法与上述感染性炎症不同。

在面对包皮过长引起的排尿疼痛时，应避免过度清洁以防破坏正常菌群平衡，并保持良好的个人卫生习惯。同时，若疼痛持续不缓解或者伴有其他异常表现，应及时就医以便明确诊断并接受相应治疗。