毛囊炎后留下小洞洞是因为毛囊受到了细菌感染，炎症消退后形成的微小凹陷性瘢痕。

毛囊炎主要是由金黄色葡萄球菌等病原体侵袭毛囊所引发的炎症性疾病。当炎症因子刺激毛囊时，可能会导致毛囊组织受损，从而引起毛囊萎缩或者坏死。在炎症消退之后，受损的毛囊无法恢复正常形态，就可能出现小洞洞的情况。

如果患者皮肤屏障功能受到损伤或存在免疫缺陷等情况，可能导致局部防御能力下降，更容易发生细菌感染，进而加重毛囊炎的症状，增加形成小洞洞的风险。

患者应避免频繁用手触摸、搔抓患处，以免刺激毛囊炎部位，影响愈合。同时，保持良好的个人卫生习惯，定期更换衣物，有助于减少细菌滋生，预防毛囊炎的发生。