包皮过长磨出水泡可以考虑使用抗病毒药膏进行治疗，如阿昔洛韦乳膏、炉甘石洗剂等。但用药需谨慎，并在医师指导下进行。

因为上述药物具有一定的抗病毒作用，对于由病毒感染引起的水泡有一定的治疗效果。如果是由其他因素导致的，则不建议使用此类药物，以免延误病情。

若水泡伴有感染迹象或疼痛加剧，应避免自行破裂以防继发细菌感染，可遵医嘱使用抗生素软膏如红霉素软膏、克林霉素磷酸酯凝胶等预防感染。

患者平时应注意个人卫生，保持局部清洁干燥，避免使用刺激性强的肥皂或洗涤用品，以减少摩擦和刺激，促进伤口愈合。