肛瘘又称“肛门直肠瘘”，大部分肛瘘由肛门直肠脓肿破溃或切开排脓后形成。脓肿逐渐缩小，但肠内容物仍不断进入脓腔，在愈合缩小的过程中，常形成迂曲的腔道，引流不畅不易愈合，日久后腔道周围有许多疤痕组织，形成慢性感染性管道。

首先;很多的患者的肛瘘原因是多年的饮食习惯不正确，在平时不讲卫生而造成的，因为饮食习惯不正确，总是吃一些刺激性的食物，并且不卫生就会引发腹泻，长期腹泻的患者就会非常容易导致肛瘘的形成。其次在排泄的时候由于人体的括约肌收缩或因炎症反复的刺激肛门括约肌，使肛门括约肌在平时生活当中经常处于痉挛状态。这在临床当中也是诱发肛瘘的一个重要的原因的。

肛瘘发生的原因，还有些患者就是由于痔疮等其他一些肛肠类疾病的诱发，还有些患者是因为得了结核克隆重氏病或者是因为得了溃疡性结肠炎等疾病引发肛瘘的。

直肠肛门损伤也是一个常见的致病因素，包括了肛肠受到了外伤、来自消化道没有校花的骨性异物、金属等等，经常不正确的使用肛表及肛门窥器检查损伤肛管直肠，非常容易导致细菌侵入伤口导致肛门周围脓肿引起肛瘘。

还有些患者会因为会阴部手术导致引起肛瘘，比如患者进行内痔治疗但是注射过深，或手术后出现了感染，女性在产后会阴缝合后发生感染，男性如果出现了前列腺、尿道手术后感染等，均可波及机体的肛门直肠引起肛瘘或者是肛周脓肿。