肛瘘术后13天出现疼痛时，应考虑伤口感染、皮下积液等问题的可能性。

肛瘘术后13天出现疼痛，首先需要考虑是否为术后并发症，如伤口感染、皮下积液等。其次，也要排除是否存在其他疾病导致的疼痛，如痔疮、肛裂等。针对这种情况，建议患者及时复诊，以便进行详细的检查和评估。

如果患者在术后发现有异常排液或出血现象，则需警惕切口愈合不良或复发可能。

术后患者要保持局部清洁干燥，避免接触刺激性物质，并遵循医嘱调整饮食结构，以促进伤口愈合。