剖腹产时发现卵巢囊肿，应首先考虑病情严重程度及患者全身状况，再决定是否进行囊肿剔除术。

剖腹产中发现卵巢囊肿时，需评估囊肿大小、性质以及对母体的影响。囊肿较小且无恶变迹象者，一般不建议额外手术以减少母亲身体负担；而囊肿较大或有恶性可能则需及时处理以防扩散转移。

若囊肿体积较大或伴有急性腹痛等症状，则需要在剖腹产的同时行囊肿剔除术。

总之，对于卵巢囊肿患者而言，在剖腹产后，应密切监测囊肿变化，并遵循医嘱进行治疗与管理。必要时，可在专业医生指导下使用甲氨蝶呤等药物进行保守治疗，避免自行用药造成不良后果。