肾病综合征患者跑步肾疼可能是由于运动引起的肌肉酸痛、水肿等原因导致的不适感。

肾病综合征本身存在水肿症状，运动过程中血液循环加快，可能导致水肿加剧，压迫周围神经，引起肾区疼痛。此外，运动时肌肉活动增强，可能会导致肌肉疲劳和乳酸积累，引起肌肉酸痛，也有可能放射至肾区，造成肾区疼痛的症状。

如果肾病综合征患者在跑步后出现持续性肾区疼痛，且伴有尿色改变或尿量减少，则可能表明病情加重或并发感染等并发症。

对于肾病综合征患者来说，适度的身体活动有助于改善心血管健康，但应避免剧烈运动以减少肾脏负担。同时，患者应注意休息，避免过度劳累，保持良好的生活习惯，以促进身体康复。