排尿后疼痛可能是由于尿液刺激受损的尿道黏膜引起的。

包皮过长可能导致尿液滞留，增加尿液中的化学成分对尿道黏膜的刺激作用，进而引发疼痛。此外，包皮过长还提供了温暖潮湿的环境，有利于细菌繁殖，进一步加重了炎症反应。

如果患者存在有慢性前列腺炎、精囊炎等疾病时，可能会因为炎症导致局部敏感性增高，在排尿后出现疼痛的症状。

对于包皮过长所致的排尿后疼痛，建议避免过度清洗以防破坏正常菌群平衡，并保持干燥清洁以促进愈合。同时，应确保及时就医评估是否需要手术矫正包皮长度。