导致子宫内膜薄的原因有全身性的，常见的原因有激素水平低、孕激素水平不足和存在排卵障碍和缺乏生长激素等，也有局部的原因，例如内膜损伤，粘连和缺失等，有一部分患者在人工流产后，子宫内膜尚未恢复，也会导致子宫内膜薄。