内、外科，妇科常见及疑难感染性疾病，同时熟悉及了解各类抗感染药物，肺炎、支气管炎、脑膜炎、心内膜炎、败血症、腹腔感染等。

1977年毕业于上海第一医学院，临床医学专业。1993年晋生为副主任医师，2000年7月晋生为主任医师。1992年7月赴美国哥仑比亚大学内、外科学院传染病科进修1年。主要从事感染性疾病的临床诊治及抗菌药物的临床研究工作。吴菊芳教授长期工作于临床第一线，承担本院及院外的难治感染疾病的会诊，完成新抗菌药物的临床评价等课题10余个。国内发表论文有“头孢呋新--有临床前途的头孢菌素”、“氨苄西林/舒巴坦的临床评价”等12篇。另有“新氟喹诺酮类抗菌药物的体外抗菌作用”等论文，被收入于国际会议的论文集。1995年已获硕士研究生导师资格。

多年来参加完成的课题“医院内感染的防治研究”获1990年国家科委进步三等奖，“头孢菌素类的药物动力学研究及给药方案制定”获1994年上海科技进步二等奖，“氟喹诺酮类临床研究及合理利用”获1995年卫生部科技进步三等奖。

国内发表论文有“头孢呋新--有临床前途的头孢菌素”、“氨苄西林/舒巴坦的临床评价”等12篇。另有“新氟喹诺酮类抗菌药物的体外抗菌作用”等论文，被收入于国际会议的论文集。

现为华山医院抗生素研究所临床应用室主任、硕士研究生导师、“中国抗感染化疗杂志”常务编委。

承担本院及院外的难治感染疾病的会诊，完成新抗菌药物的临床评价等课题10余个