穆胤瑜擅长治疗近视、青光眼、白内障、屈光不正、干眼症、眼底病、弱视、视网膜病变等眼科疾病。

从事屈光及小儿斜弱视专业的治疗工作，独立开展准分子激光矫正近视眼手术和儿童斜视手术与弱视综合治疗。同时对眼科常见病、复杂眼外伤救治、眼整形手术也具有丰富的临床经验。