擅长泌尿系统的各种疾病。

秦万长教授系解放军总医院第一附属医院泌尿外科原主任、主任医师、研究生导师;解放军泌尿外科专委会委员，美国泌尿外科学会会员。

秦万长教授长期从事膀胱肿瘤的防治研究。1994年首次提出了无处理阑尾脐造口肠代膀胱术的术式并应用于实践，改变了阑尾造口必须包埋或套叠的处理方式，避免了并发症。共为百余例膀胱肿瘤患者实施了该术式，并在包括北京大学三院、友谊医院、航天中心医院、306医院等全国20多家医院得到了推广，受到了患者及推广医院医师的好评。各大媒体如中央电视台、解放军报、健康报和科技日报等都给予了报道，受到了国内同行的关注。1999年以来，继续对无处理阑尾脐造口肠代膀胱术进行改进和扩大应用。大大节约了手术时间。为非膀胱肿瘤患者如严重间质性膀胱炎、严重多发伤后尿道大段缺损、神经原性膀胱和真性尿失禁实施了永久性或暂时性尿路改道，受到了患者的欢迎。

他首创常温无断血肾部分切除术的术式。本术式的优点是，能尽最大可能保护患者已经受损的肾功能，其适应证是：解剖性或功能性的孤立肾肿瘤和双肾肿瘤的肿瘤切除。

他亲自为400多例患者实施了同种异体肾移植术，人、移植肾存活率达国内先进水平。中央电视台《健康之路》栏目全程跟踪拍摄、演播由他操刀实施圆满成功的母子间活体肾移植术。

他在国内首次开展了阴茎扭曲矫正术术式，并做了技术上的改进。他还为因井架塌方致阴茎缺失的男青年成功实施了利用自体组织的阴茎再造术;他多次为阴茎外伤性离断的患者成功实施了阴茎再植术。

他是北京地区最早开展输尿管镜下气压弹道碎石和经尿道等离子刀切除前列腺的专家之一，将气压弹道碎石和体外碎石有机结合起来，把经尿道前列腺等离子切除和保留尿道的开放式前列腺切除有机结合起来，使泌尿系结石和前列腺增生的治疗达到较为理想的效果。

由他担任主编和副主编出版专著各一部：《泌尿外科疾病》，《血管外科手术学》，参加编写了泌尿外科、创伤急救和感染控制等方面的专著共7部。共发表论文50余篇。共有三项科研课题分别获得军队十五攻关课题面上项目和国家自然科学基金资助。已培养毕业研究生多名。担任解放军医学杂志特约审稿人、国家自然科学基金医学生物学项目评议人。受聘担任第二炮兵医学系统高级职称评审委员会专家、武装警察部队医学系统高级职称评审委员会专家、全军三家医院评审委员会专

共获全军各级奖项四项：其中全军医疗成果二等奖两项，全军医疗成果三等奖一项，全军科技进步三等奖一项。其中膀胱肿瘤防治的系列研究获全军科技进步三等奖，膀胱重建和尿流改道方法、阑尾原位经脐造口可控性回结肠膀胱术治疗中晚期膀胱癌分别获得全军医疗成果二等奖。 阴茎扭曲矫正术，获全军医疗成果三等奖。经总后勤部批准荣立三等功。 作为对我国医学事业有突出贡献的专家，享受国务院颁发的政府特殊津贴。

共获全军各级奖项四项：其中全军医疗成果二等奖两项，全军医疗成果三等奖一项，全军科技进步三等奖一项。其中膀胱肿瘤防治的系列研究获全军科技进步三等奖，膀胱重建和尿流改道方法、阑尾原位经脐造口可控性回结肠膀胱术治疗中晚期膀胱癌分别获得全军医疗成果二等奖。 阴茎扭曲矫正术，获全军医疗成果三等奖。经总后勤部批准荣立三等功。 作为对我国医学事业有突出贡献的专家，享受国务院颁发的政府特殊津贴。

共发表论文50余篇。

解放军泌尿外科专委会委员，美国泌尿外科学会会员。担任解放军医学杂志特约审稿人、国家自然科学基金医学生物学项目评议人。受聘担任第二炮兵医学系统高级职称评审委员会专家、武装警察部队医学系统高级职称评审委员会专家、全军三家医院评审委员会专