输尿管膀胱瓣吻合术后三个月小便疼可能是术后感染导致的。

输尿管膀胱瓣吻合术是将输尿管下段断端直接缝合于膀胱黏膜上，形成一个管道状通道，使尿液能够顺畅地流入膀胱。术后三个月出现小便疼痛，如果伴有尿频、尿急、尿道灼热感等症状，则很可能是术后感染所致。因为术后局部存在切口，若未做好伤口护理工作，可能导致细菌侵入，引发炎症反应，从而引起上述不适症状。

此外，还应考虑是否存在结石的可能性，尤其是当患者同时伴随腰痛或腹部绞痛时。因为手术过程中可能造成输尿管损伤，导致尿液流通不畅，增加结石发生的概率。

在术后恢复期间，患者应注意观察排尿情况，并定期复查以评估术后效果及并发症的发生。必要时，医生可能会开具抗生素治疗感染，对于结石则可能需要行体外冲击波碎石等进一步处理。