复旦大学附属金山医院是一所专业科室设置齐全医疗设备先进集医疗教学科研预防为一体的三级综合性医院医院设有36个专业学科19个病区30个临床科室12个医技科室设有特需医疗部另有职业病防治所金山区眼病防治所医院有原上海医科大学重点建设学科2个（职业病科及烧伤整形科）；金山区医学领先专业重点学科3个（神经外科心血管内科耳鼻喉科）金山区医学领先专业特色学科3个（泌尿外科放疗科职业病科（化学伤害救治））神经外科是上海市华山神经外科（集团）医院金山分院该科不仅能够抢救各种重型颅脑损伤还开展了多种颅脑肿瘤的根治手术其中扩大中颅底入路手术为颅底肿瘤的根治开创了新方法成功完成高血压脑出血的微创手术30余例学科技术水平跻身市先进行列耳鼻喉科在耳显微外科头颈肿瘤外科手术（包括功能重建手术）鼻内窥镜手术及畸形纠正手术方面有一定特色医疗技术已达到市先进水平烧伤科是上海西南地区及浙东地区的烧伤治疗中心大面积烧伤的抢救技术达到了上海市先进水平烧伤面积达50～89%的抢救成功率为90%以上烧伤面积达90%以上的抢救成功率为50%以上作为上海市规模较大的重症监护病房在危重病人和严重复合伤临床救治具备较为丰富的经验由职业病科烧伤科急救中心和化工区医疗中心强强联手组建的化学伤害医疗救治中心作已形成医疗救治基础与临床研究相结合的临床研究中心泌尿外科以介入放射治疗和腔内微创外科为特色,可开展肾癌肾外伤严重出血病例的介入放射治疗输尿管镜治疗输尿管结石汽化切割治疗膀胱肿瘤等手术普外科以微创外科为特色近年来先后完成了近30种腹腔镜手术在国内率先开展了内镜辅助的甲状腺切除术和手助的腹腔镜脾切除术

1994年被评定为三级医院自97年连续获上海市卫生系统文明单位称号；自1988年连续15年获得复旦大学（包括原上海医科大学）文明医院的光荣称号2002年--2003年又荣获上海市文明单位的光荣称号历年来共承担各级课题289项一些学科在科研上有较大的突破内科开展的胃癌早期诊断及普查工作获卫生部科研成果三等奖；职业病科《丙烯腈对作业工人健康影响的流行病学调查与实验研究》2003年获"上海市医学科技成果三等奖"2006年泌尿外科陈刚主持的课题拿到国家自然科学基金项目实现了金山区自然科学基金零的突破近两年论文发表数都保持在150篇/年左右