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儿外科属上海市重点学科，国家211工程，上海市临床医学中心所在专业。在著名儿外专家施诚仁教授领导下，外科已建设成为具备有新生儿外科，小儿神经外科，小儿泌尿外科，小肿瘤外科，小儿普通外科等专业特点的综合性科室，开展微创外科，腹腔镜、脑室镜、膀胱镜、及胃镜、肠镜。脏器移植如小儿肾移植、肝移植等。创伤急诊专业齐全，反应敏捷，对复合伤、颅脑外伤，急腹症、新生儿急诊有强大的综合处理能力。年均手术量4000余例,为国内儿童疑难杂症的诊治中心之一。

总床位数36张，据近7年（1998-2005）统计，总死亡率小于2％，由于近年来加强围手术期处理、监护设施齐全、麻醉、营养支持、外科手术操作技术进一步提高，使得<1岁新生儿婴儿外科死亡率<2.05%，。据统计近7年来，外地病人数比例占70％左右，病儿来源覆盖全国各地及港、澳地区，少部分国外求医者来自新加坡、日本、德国、韩国等国家，服务半径较大。相关学科支撑配套齐全，除了强力雄厚的211工程及上海市重点学科儿科外，其他如：影像学诊断、病理、实验室、化验、同位素、放射治疗、监护、功能康复等均具有国内先进水平。同时上海儿科医学研究所、临床儿科杂志、儿科医学院、上海第二医科大学基础医学院、各兄弟医院均是我们小儿外科的有力合作单位。先后参加了第三届全国儿外科中青年学术会议、全国新生儿外科学术会议等，并举办了国际小儿外科手术研讨会。2004年我科在医院二委会的领导下，在相关科室的配合支持下，成功分离了全国胸腹联体最大面积的一对女婴，引起了全国范围的广泛关注。

对小儿先天性胃肠道畸形如食道闭锁，膈疝，肠闭锁，巨结肠，肛门闭锁无肛，总胆管囊肿，胆道闭锁，门静脉高压，便秘，大便失禁等有大量诊治经验。

颅脑脊柱外科特点：脑积水，颅内肿瘤，脊髓栓系综合征，脑脊膜膨出，狭颅症、脑发育不良。

肿瘤外科对各肿小儿实体肿瘤有丰富诊治经验，如肾脏肿瘤，肝脏肿瘤，淋巴瘤，神经母细胞瘤，畸胎瘤，血管瘤。

    儿童泌尿科的特点为排尿异常的处理，肾积水，尿道下裂，尿失禁，肾上腺肿瘤，神经性膀胱，肾动脉狭窄，肾功能衰竭，包茎，隐睾，反复尿路感染，上下尿路梗阻，膀胱输尿管返流。