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感染传染科是儿科医院建院时即存在的科室之一。1952年儿科医院成立（当时院址在肇嘉浜路），传染病专业尚未设科，仅设隔离病区和相应传染病门诊，最早的科室负责人由儿科医院首任院长陈翠贞兼任，床位数30余张。1954。。。感染传染科是儿科医院建院时即存在的科室之一。1952年儿科医院成立（当时院址在肇嘉浜路），传染病专业尚未设科，仅设隔离病区和相应传染病门诊，最早的科室负责人由儿科医院首任院长陈翠贞兼任，床位数30余张。1954年儿科医院迁址至徐汇区枫林路183号，原隔离病区和 传染病门诊成为传染科。80年代末儿科医院在原址枫林路183号建造了新内科病房大楼（共八层），1991年新大楼启用，传染科病房位于一病区和二病区，一病区床位数27张，主要收治感染性疾病；二病区床位数36张，2001年之前主要收治各种传染病，2002年开始还收治儿童肝病。2005年9月成立了以传染科和儿外科为主体的复旦大学小儿肝病诊治中心，病人收治在二病区，建立了肝病患儿专科门诊-住院-出院后专科门诊随访的一体化专科管理模式。2008年6月搬迁至新址闵行区万源路399号，目前有独立的传染科病房及门诊大楼，专业床位66张，诊治疾病的种类除传统的传染病外，还涉及到感染性疾病以及儿童肝病。因此更名为感染传染科。经过近六十年的建设，感染传染科是卫生部临床重点学科，同时也一直是儿科医院重点学科，是卫生部唯一具有集医教研为一体多学科紧密合作完整保留小儿传染和感染病专业特色的学科，是国家和上海市小儿传染病感染性疾病的监测和定点医疗单位。本专业共有专科医师16名，80％以上具有博士、硕士学位。护士25名，其中主管护师2名，护师11名。儿科医院传染/感染科在多次国家和上海市突发公共卫生事件中，发挥着处置儿童突发传染感染病的主导作用。无论是在应对2003年的SARS、2005年禽流感、2008年的手足口病以及2009年的新型甲型H1N1流感等公共突发医疗事件中，均出色地完成了临床的救治和预防控制工作；参与各类应急及突发传染病救治决策方案的制定、会诊等工作。为国家小儿传染病疫情报告和传染病信息咨询提供了重要的数据，为儿童的健康做出了重要贡献。目前是中华医学会感染病学分会小儿感染及肝病学组组长单位、中华医学会儿科学分会感染学组副组长单位及上海市儿科学会感染学组副组长单位。专业对各种儿童常见传染感染性疾病的诊治具有规范的诊疗常规，重症传染病诊疗水平及抢救成功率位于国内领先水平，重危病例抢救成功率达90％以上。儿童肝病中心成立于2005年9月，开展肝脏穿刺技术798人次，诊断各种儿童肝病2千余例，通过开展基因检测技术和代谢性疾病的检查， 首先在国内报道了进行性家族性肝内胆汁淤积症和Alagille综合征病例。并与儿外科联合开展儿童肝移植10余人次。对母婴传播乙肝病毒的防治、各种慢性肝病儿童、肝移植以及胆道闭锁患儿开展系统的管理和随访。对各种罕见、少见、疑难肝病的诊断和治疗水平处于国内领先。几十年来，专业科研工作从重症传染病的治疗和抢救逐渐扩展到感染性腹泻病、乙肝疫苗及HBV母婴传播的阻断的研究、婴儿肝病综合征、手足口病、麻疹、流感及细菌性传染病的耐药基因等各个方面，先后获得各类研课题48项，发表论文392篇，其中英文论著28篇，科普文章40篇。获得教育部科技进步奖卫生部科技进步奖及上海市科技进步奖4项。2008年获得上海市公共卫生临床重点学科建设项目以及2009年卫生部儿童突发与危重传染/感染性疾病诊治基地建设项目。先后培养博士生15名，硕士生20名，培养全国各地进修人员 20余名；主编或副主编小儿肝胆系统疾病、儿科感染病学和卫生部“十一五”规划教材全国高等学校本科临床学儿科专业用的小儿传染病学等著作及教科书18部，参编38部。2007年与加拿大建立合作伙伴关系，吸纳国内感染传染病专业学员，通过外国专家在国内面对面的传授半年以及学员赴加拿大专业培训学习半年的模式， 为国内培养小儿感染传染病高层次专业人才。也为国家输送和培养了具有临床和实验研究两套本领的高级人才，建立了一支由教授（主任医师）、副教授（副主任医师）以及年轻博士、硕士为主的专业学术队伍，为本专业的进一步辉煌与发展提供了坚实的人才保证。目前正在形成有一定国际影响的小儿感染科专业医师和研究人员培养基地。