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本院小儿科成立于民国48年，至今恰好届满50週年。多年来秉着马偕博士的精神，以服务、医疗与传道为宗旨。从民国54年起，开始肩负台北医学大学、高雄医学大学及往后之中国医药大学、中山医学大学、阳明大学以及长庚大学等之见、实习医师的教学任务;近几年更进一步重视研究发展以提升学术水準。由于逐年来病床的增加，设备的更新与添置，人才的培植及延揽，早已是国内最具规模的小儿科之一。

目前科内细分为新生儿科、小儿血液肿瘤科、小儿过敏免疫科、小儿神经科、小儿感染科、小儿肾臟科、小儿肠胃科、小儿心臟科、小儿内分泌科、小儿遗传科、儿童急重症医学科、儿童急救加护医学科共十二个次专科;每一次专科均有完整的医疗团队。另有小儿外科、小儿心臟外科、小儿放射科、小儿骨科、小儿耳鼻喉科、小儿眼科、小儿精神科主治医师，于各个专科领域和本科密切合作，给予本科极大协助。

台北及淡水院区现共有病床264床，从民国76年起，台东分院儿科成立，现共有病床39床。小儿科主治医师长期派驻，加上轮派的住院医师，提供东部儿童的医疗照护，尤其是急重症的医疗服务，为东部地区儿童医疗中心。民国91年起，新竹分院儿科成立，现共有病床65床。提供了24小时儿科医师诊疗的儿童急诊医疗服务，承担了新竹地区大部分的儿童急诊医疗。并且设立了新竹地区唯一的儿童加护病房，购置竹苗地区唯一的高频震盪唿吸器、吸入性一氧化氮机，提供高品质的重症医疗，特别是在早产儿照顾部分。而且目前是新竹地区唯一的肠病毒重症后送医院。本科共有共有主治医师44位 (包含台北院区27位、淡水分院7位、新竹分院7位和台东分院3位主治医师 )，住院医师54位，此外也代训其他医院派来的医师。正式建教大学为台北医学大学、中国医药大学、阳明大学。

本科日常医疗工作主要可分为门诊及病房两大方面。门诊工作包括普通门诊、健儿门诊、专科门诊与24小时服务的急诊，且儿科急诊自96年起，由儿科主治医师24小时驻诊服务，全面提升儿科医疗与教学训练之品质。病房工作分为婴儿室、新生儿病房、儿童病房、新生儿加护病房、小儿加护病房与小儿外科病房加护病房设有专责主治医师，以提升医疗服务品质。本科为全国首先专设危险病儿转送制度之小儿科，派资深住院医师到妇产科医院，急救高危险新生儿，并转送来院治疗。

本科本着照顾弱势族群的使命，参与偏远山区儿童医疗服务。目前定期派遣儿科医师深入偏远山区巡迴医疗，包括新竹尖石乡、五峰乡、司马库斯等，并支援台东太麻里的儿童卫生医疗照护工作，绿岛、兰屿之学童健检，金山医院的定期儿童门诊医疗，服务偏远弱势族群。亦相当着重特殊儿童医疗服务。包括民国68年成立全台第一个新生儿加护病房，民国69年率先开始早产儿外接转送工作，民国81年本院发起创设早产儿基金会，将服务对象扩展至全台。民国84年起投入早产儿的发展追踪工作，并于民国88年获选为早产儿基金会的早产儿医疗训练中心，目前是台北地区低出生体重早产儿照护人数最多的中心。本科亦为为儿童癌症医疗重镇，多年来致力于儿童癌症的研究与医疗，民国82年起主导TPOG(Taiwan Pediatric Oncology Group)急性淋巴性白血病治疗方案之制定，大大提升治癒率，全国的治癒率由1997年的55%提升至目前的71%，而在本科部团队的合作下，治癒率为83%，达国际水準。而急性骨髓性白血病的治疗亦居领导全国地位，治癒率为61%，高于全国的54%。积极推动罕见疾病儿的医疗照顾，提供罕见疾病儿完善的医疗照护，深获肯定，服务人数为全国第一，尤其是黏多糖症、普瑞德-威利氏症、玻璃娃娃;并荣获卫生署「罕见疾病报告绩优医院奖」，民国94年为全国第一，95年为全国第二。其他如小儿心臟科执行国内首例的「经静脉植入心室同步节律器(CRT-ICD)」、儿童糖尿病照护团队首创「24小时连续血糖监测系统」;早期疗育照护、胆道闭锁病童的医疗照护，以及儿虐、性侵的照护与通报等，均贡献良多。